上市公司并購重組存稅務變數。根據《通知》第五、六條的有關規定,滿足一定條件的企業可以申請特殊性稅務處理。具體條件有：股權收購,收購企業購買的股權不低于被收購企業全部股權的75%,且收購企業在該股權收購發生時的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%；資產收購,受讓企業收購的資產不低于轉讓企業全部資產的75%,且受讓企業在該資產收購發生時的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%。根據2010年上市公司公告,老鳳祥股份定向增發購買黃埔區國資委持有的老鳳祥有限公司27.57%的股份，ST張銅擬發行股份購買沙鋼集團持有的淮鋼特鋼63.79%的股份等,收購股權比例都達不到75%。有業內人士指出,這些企業均存在重大稅務風險。
IPO前稅務歷史遺留問題需補稅。企業上市通常會遇到一些稅務遺留問題，如企業進行股份改制時涉及的個人所得稅爭議,以前年度稅款的未繳、少繳或緩繳,一些減免稅的取得和批準不規范,過于激進的稅務籌劃計劃 （如將利潤留在海外離岸公司）等。部分民營企業在上市前的利潤分配過程中,存在欠稅逃稅的現象。有上市預期的企業,應提前進行稅務健康檢查,盡早發現問題。
減持限售股避稅有可能被追繳。有關部門出臺新規，明確對自然人減持限售股征收20％的個人所得稅。但部分納稅人使出形形色色的避稅花招，如人為調整送、轉股日期進行高轉送股以規避個人所得稅，用限售股換購ETF基金份額規避轉讓限售股個人所得稅等。限售股轉讓涉及個稅金額巨大，其中隱含極大稅務風險。
資產減值調控利潤易成稅務稽查靶子。出于某種需要，“資產減值準備”也成為企業操縱利潤的工具。在重虧情況下，企業為避免連續幾年虧損，往往在報告虧損年度將虧損做大，以便“輕裝上陣”。在微利情況下，實際虧損的企業為了逃避陷入困境，通過調節利潤，使虧損變成微利。大量計提資產減值損失容易被重點稽查。
轉移定價無合理商業目的存三重征稅。上市公司在日常經營過程中常常與其子公司頻繁發生資金往來和內部交易，有些公司是出于正常的資金調度便利和稅收的考慮，但有些公司并非出于此種目的，而是將本應獲取的利益輸送給下屬子公司的少數股東。對于不具有合理商業目的的計劃 而減少其應納稅收入或者所得額的，各級地方稅務部門有一定的自由裁量權，但如果轉移定價調整數額沒有支付給被調整的企業，這部分調整數額將會被確認為紅利支付，且不能免征預提所得稅。此外，當企業處于稅收減免期，轉移定價調整可能會導致減免期提早結束。
關聯企業預付款購銷業務隱藏逃稅嫌疑。上市公司如果和關聯企業間通過預付賬款形式支付款項，很可能是出于融資目的，利用預付款掩蓋互相拆借資金的真相，進而逃避繳納借款利息收入產生的企業所得稅。對此，稅務部門有權按銀行同期借款利率核定其轉借收入，并就其適用營業稅暫行條例按金融業稅目征收營業稅。此外，由于支付給上游企業的借款產生的利息與其生產經營無關，稅務機關還將調整下游收款企業的應稅所得額，并要求補繳稅。
稅收政策變化導致追繳稅款
稅收政策變化是指國家稅收法規時效的不確定性。如海普瑞的招股書中提到了其自2000年至2007年享受到深圳市企業所得稅的優惠政策，但該優惠政策并沒有國家法律、行政法規或國務院有關規定作為依據，因而存在撤銷而產生額外稅項和費用的可能。
虛增收入將補繳稅款及罰金
上市公司虛增銷售收入是其業績做假的主要手段之一。做假的主要手段有：虛構客戶，虛擬銷售；以真實客戶為基礎，虛擬銷售；利用與某些公司的特殊關系制造銷售收入；對銷售期間不恰當分割，調節銷售收入；對有附加條件的發運產品全額確認銷售收入；在資產控制存在重大不確定性的情況下確認收入。表面看大多數情況并沒有違反有關會計制度和準則，本質上看則虛增了利潤。
稅前扣除無發票調增應納稅所得額。如某上市公司同一家文化傳播公司簽訂合同金額×××萬元，無發票列入待攤費用。該公司應注意：1．業的稅前扣除一律要憑合法的票證憑據確認。2．臨著補稅風險。由于白條列支的費用不得稅前扣除，應調增應納稅所得額，并補繳企業所得稅。3．面臨著稅務行政處罰的風險，因未按照規定取得發票。
應收賬款自行稅前扣除補繳企業所得稅。企業發生的壞賬損失，只能在損失發生的當年申報扣除，不得提前或延后，并且必須在壞賬損失年度終了后15日內向有關稅務機關申報。非因計算錯誤或其他客觀原因，企業未及時申報的壞賬損失，逾期不得扣除。關聯企業之間的往來賬款不得確認為壞賬。但是，關聯企業之間的應收賬款，經法院判決負債方破產，破產企業的財產不足以清償的負債部分，經稅務機關審核后，應允許債權方企業作為壞賬損失在稅前扣除。
