（一）理解和掌握有關政策法規的相關規定
為了加強企業財務管理，維護企業所有者和職工的合法權益，促進保險業的健康發展，2003年2月財政部發布了《關于企業為職工購買保險有關財務處理問題的通知》（以下簡稱《通知》）。《通知》對職工醫療保險費用的列支渠道和標準作出了具體規定，同時還明確：職工醫療保險涉及的稅收問題，按照國家稅收政策的有關規定處理。《財政部國家稅務總局關于完善城鎮社會保障體系試點中有關所得稅政策問題的通知》規定，部分經濟效益好的企業為職工建立的補充醫療保險，提取額在工資總額4%以內的部分，準予在繳納企業所得稅前全額扣除。非試點地區企業為職工建立的補充醫療保險，提取額在工資總額4%以內的部分，從職工福利費中列支，福利費不足列支的部分，經同級財政部門核準后列入成本，準予在繳納企業所得稅前全額扣除。《國家稅務總局關于執行〈企業會計制度〉需要明確的有關所得稅問題的通知》第五條規定：企業為全體雇員按國務院或省級人民政府規定的比例或標準繳納的補充醫療保險，可以在稅前扣除；企業為全體雇員按國務院或省級人民政府規定的比例或標準補繳的基本或補充醫療保險，可在補繳當期直接扣除；金額較大的，主管稅務機關可要求企業在不低于三年的期間內分期均勻扣除。
以上有關醫療保險的政策法規是企業在計算企業所得稅時、涉及醫療保險業務處理所必須遵守的，企業財務人員只有掌握文件所規定的相關內容，才能依法納稅。由于企業日常財務管理工作還涉及個人所得稅代扣代繳問題，因此，財務人員除了要掌握企業所得稅涉及職工醫療保險的相關規定外，還必須掌握個人所得稅涉及職工醫療保險的相關規定。
（二）依照相關會計準則與企業會計制度進行核算
新會計準則自2007年1月1日起在上市公司范圍內施行，同時鼓勵其他企業執行。基于這一背景，我國目前存在一部分執行新會計準則的企業，一部分執行《企業會計制度》的企業。而職工醫療保險相關業務在上述兩類企業核算中也存在一定的差別，應引起財務人員的重視。
按照醫療保險的相關政策和《企業會計制度》的規定進行核算的企業，發生職工醫療保險業務一般應通過“應付福利費”、“應付工資”等科目進行核算。
企業為職工繳納基本醫療保險的，應由職工福利費列支。會計分錄為：借記“應付福利費”，貸記“銀行存款”。企業為職工繳納補充醫療保險的，屬于工資總額4%以內的部分，由職工福利費列支，職工福利費不足的部分在成本費用中列支。會計分錄為：借記“應付福利費”（工資總額4%以內的部分），同時借記“管理費用”等（職工福利費不足部分），貸記“銀行存款”。從職工個人的應發工資中扣繳的社會保險費和作為職工獎勵、為職工購買商業保險的，從應付工資中列支。會計分錄為：借記“應付工資”，貸記“其他應付款—職工醫療保險”。超過規定比例和標準繳付的有關醫療保險，應將超過部分并入職工個人當期的工資、薪金收入，計征個人所得稅。會計分錄為：借記“應付工資”，貸記“應交稅費—應交個人所得稅”。
按照新會計準則核算的企業，職工醫療保險已被納入職工薪酬范圍，應該根據《企業會計準則第9號—職工薪酬》和《企業會計準則—應用指南》的規定，通過“應付職工薪酬”科目進行核算。
企業計算職工醫療保險時，應根據職工服務的受益對象將醫療保險計入到相關的資產成本或當期損益。會計分錄為：借記“生產成本”、“制造費用”、 “在建工程”、“研發支出”、“管理費用”、“銷售費用”，貸記“應付職工薪酬—社會保險費”。企業支付醫療保險費時，會計分錄為：借記“應付職工薪酬— 社會保險費”，貸記“銀行存款”，同時貸記“應交稅費—應交個人所得稅”（超過規定的比例和標準繳付的醫療保險費計征部分）。
有關醫療保險費涉及企業所得稅的業務，執行新會計準則的企業與執行《企業會計制度》的企業核算方法基本一樣，所不同的是執行《企業會計制度》的企業通過“所得稅”科目核算，而執行新會計準則的企業通過“所得稅費用”科目進行核算。
