優點
平衡計分卡不僅是一種管理手段，也體現了一種管理思想，就是：
（1）只有量化的指標才是可以考核的；必須將要考核的指標進行量化。
（2）組織愿景的達成要考核多方面的指標，不僅是財務要素，還應包括客戶、業務流程、學習與成長。自平衡計分卡方法提出之后，其對企業全方位的考核及關注企業長遠發展的觀念受到學術界與企業界的充分重視，許多企業嘗試引入平衡計分卡作為 企業管理 的工具。
實施平衡計分卡的管理方法主要有以下優點：
（1）克服財務評估方法的短期行為；
（2）使整個組織行動一致，服務于戰略目標；
（3）能有效地將組織的戰略轉化為組織各層的 績效 指標和行動；
（4）有助于各級員工對組織目標和戰略的溝通和理解；
（5）利于組織和員工的學習成長和核心能力的培養；
（6）實現組織長遠發展；
（7）通過實施BSC，提高組織整體管理水平。
缺點
平衡計分卡并不能在以下兩個重要方面發揮推動企業進步的作用：
它不適用于戰略制定。卡普蘭和諾頓特別指出，運用這一方法的前提是，企業應當已經確立了一致認同的戰略。
它并非是流程改進的方法。類似于體育運動計分卡，平衡計分卡并不告訴你如何去做，它只是以定量的方式告訴你做得怎樣。
平衡計分卡在業績考核層面運用時，我們需要獲得以下突破：平衡計分卡是對傳統績效評價方法的一種突破，但是不可避免地也存在自身的一些缺點。
1.實施難度大
平衡計分卡的實施要求企業有明確的組織戰略；高層管理者具備分解和溝通戰略的能力和意愿；中高層管理者具有指標創新的能力和意愿。因此管理基礎差的企業不可以直接引入平衡計分卡，必須先提高自己的管理水平，才能循序漸進地引進平衡計分卡。
2.指標體系的建立較困難
平衡計分卡對傳統業績評價體系的突破就在于它引進了非財務指標，克服了單一依靠財務指標評價的局限性。然而，這又帶來了另外的問題，即如何建立非財務指標體系、如何確立非財務指標的標準以及如何評價非財務指標。我們知道財務指標的創立是比較容易的，而其他三個方面的指標則比較難以收集，需要企業長期探索和總結。而且不同的企業面臨著不同的競爭環境，需要不同的戰略，進而設定不同的目標，因此在運用平衡計分卡時，要求企業的管理層根據企業的戰略、運營的主要業務和外部環境加以仔細斟酌。
3.指標數量過多
指標數量過多，指標間的因果關系很難做到真實、明確。平衡計分卡涉及財務、顧客、內部業務流程、學習與成長四套業績評價指標，按照Kap-klan的說法，合適的指標數目是20-25個。其中，財務角度5個，客戶角度5個，內部流程角度8-10個，學習與成長角度5個。如果指標之間不是呈完全正相關的關系，我們在評價最終結果的時候，應該選擇哪個指標作為評價的依據；如果舍掉部分指標的話，是不是會導致業績評價的不完整性。這些都是在應用平衡計分卡時要考慮的問題。
平衡計分卡對戰略的貫徹基于各個指標間明確、真實的因果關系，但貫穿平衡計分卡的因果關系鏈很難做到真實、可靠，就連它的創立者都認為“要想積累足夠的數據去證明平衡計分卡各指標之間存在顯著的相關關系和因果關系，可能需要很長的時間，可能要幾個月或者幾年。在短期內經理對戰略影響的評價，不得不依靠主觀的定性判斷”。而且，如果競爭環境發生了激烈的變化，原來的戰略及與之適應的評價指標可能會喪失有效性，從而需要重新修訂。
4.各指標權重的分配比較困難
要對企業業績進行評價，就必然要綜合考慮上述四個層面的因素，這就涉及到一個權重分配問題。更使問題復雜的是，不但要在不同層面之間分配權重，而且要在同一層面的不同指標之間分配權重。不同的層面及同一層面的不同指標分配的權重不同，將可能會導致不同的評價結果。而且平衡計分卡也沒有說明針對不同的發展階段與戰略需要確定指標權重的方法，故而權重的制定并沒有一個客觀標準，這就不可避免地使得權重的分配有濃厚的主觀色彩。
5.部分指標的量化工作難以落實
尤其是對于部分很抽象的非財務指標的量化工作非常困難，如客戶指標中的客戶滿意程度和客戶保持程度如何量化，再如員工的學習與發展指標及員工對工作的滿意度如何量化等。這也使得在評價企業業績的時候，無可避免得帶有主觀的因素。
6.實施成本大
平衡計分卡要求企業從財務、客戶、內部流程、學習與成長四個方面考慮戰略目標的實施，并為每個方面制定詳細而明確的目標和指標。在對戰略的深刻理解外，需要消耗大量精力和時間把它分解到部門，并找出恰當的指標。而落實到最后，指標可能會多達15～20個，在考核與數據收集時，也是一個不輕的負擔。并且平衡計分卡的執行也是一個耗費資源的過程。一份典型的平衡計分卡需要3-6個月去執行，另外還需要幾個月去調整結構，使其規范化。從而總的開發時間經常需要一年或更長的時間。
