（一）預算管理的思想觀念有偏差
1、為預算而預算。博科資訊全面預算管理顧問中心發現，中小企業往往比其他企業更能認識到預算管理在其企業管理中的有效作用，并把是否實施預算管理作為衡量企業管理水平高低的一個標準，但對預算到底應是什么樣子，如何計劃 和實施預算，尚缺乏深刻的理解。不少中小企業為了在管理水平認定方面能得到有關部門和單位的認同，紛紛實施預算管理，并制定了一系列有關預算管理的制度性文件。
2、認為編制預算屬純財務行為。預算是在財務收支預算基礎上的延伸和發展，以至于很多人都認為預算是財務行為，應由財務部門負責預算的制定和控制，甚至把預算理解為是財務部門控制資金支出的計劃和措施。隨著管理計劃性加強，預算逐漸受到管理層的重視。盡管各種預算最終可以表現為財務預算，但預算的基礎是各種業務、投資、資金、人力資源、科研開發以及管理，這些內容并非財務部門所能確定和左右。
（二）預算依據不充分
1、預算缺乏中小企業發展戰略的明確指導。沒有發展戰略環境下的預算管理，往往出現短期活動，忽視長期目標，使短期的預算指標與長期的中小企業發展戰略不相適應，各期編制的預算銜接性差，預算管理常常處于本末倒置的狀態，各年度、季度和月份預算的推行無助于中小企業長期發展目標的實現，并且企業預算編制出發點也不盡相同，這樣的預算管理難以取得預期的效果。
2、預算往往經不起市場的檢驗。博科資訊全面預算管理顧問中心在調研中發現，由于預算管理中存在封閉心態，預算管理過程往往忽視對市場的調研與預測，使很多預算指標與中小企業的外部環境不相容，整個預算指標體系難以被市場接受，經不起市場檢驗的預算制度很難有效地在中小企業中實施。而且，預算指標缺乏彈性，缺乏對市場的應變能力，這也使中小企業的預算工作難以推行。
3、預算與中小企業的實踐活動相脫節，編制的預算缺乏必要的客觀性。很多中小企業以歷史指標值和過去的活動為基礎，確定未來的預算指標值，沒有認真地對中小企業的未來活動作評估。如果中小企業及其各部門的活動變化不大，這種制定預算的方法尚可接受，在中小企業及其各部門的活動變化較大或擴張速度較快時，用上面的辦法制定預算，會使預算指標缺乏客觀性。缺乏客觀性的預算指標值難以成為考核和評價員工的有效基準，這樣的預算管理制度肯定效果不佳。
4、執行預算缺乏有效的考核與激勵措施。考核和獎懲措施落實不到位己經成了影響中小企業預算目標無法很好實現的重要原因。在預算管理過程中，以預算標準考核責任單位和責任人，并以考核結果對他們執行獎懲時，被考核方過多地強調客觀因素對活動績效的影響，故意回避主觀方面的原因，考核方則常常參雜太重的個人情感去評價被考核方，使考核過程在“有色眼鏡”下進行；或者考核后沒有配套的獎懲措施，缺乏應有的激勵機制，使考核工作流于形式。預算指標約束作用的喪失，可能使整個預算工作名存實亡。
（三）預算編制方法過于模式化
博科資訊全面預算管理顧問中心認為，預算編制是中小企業實施預算管理的起點，也是預算管理的關鍵環節。采用什么方法編制預算，對預算目標的實現有著至關重要的影響，從而直接影響到預算管理的效果。
西方國家尤其是美國編制預算時分別采用固定預算、彈性預算、滾動預算、零基預算和概率預算等方法，不同的預算編制方法適應不同的情況。而我國多數中小企業均采用增量或減量預算編制方法，原因主要有三個方面:（1）增量或減量預算的編制簡便；（2）給預算確定中的討價還價行為留下空間；（3）承認歷史水平的合理性。盡管增量或減量已經考慮了某些非正常因素，但確立增量或減量的幅度在很大程度上具有主觀性，致使預算的編制未能真正起到提高效率的作用。（四）預算審查批準中的非客觀性因素影響較大
1、決策層多以預算結果滿意度作為是否批準該預算的主要依據，只要預算結果在決策層可接受的滿意程度之內，預算就會被批準。這實際上是形式主義在預算管理中的表現，不符合預算管理的本質要求，滿意度的高低無法衡量，帶有很大的主觀成分，也容易產生腐敗。為了使預算能真正起到細化戰略管理的作用，預算的審批應注重預算草案的編制假設或編制依據是否與企業發展戰略一致，預算編制的內容是否完整，預算指標的計算方法或確定原則是否與中小企業預算制度規定的原則和方法吻合。也就是說，預算審批應注重預算編制內容、編制過程和方法的合理性，而不能只注重預算結果。
2、對預算的準確度期望值過高。預算是中小企業對未來行為的一種計劃計劃 ，在預算確定中體現為一系列的具體指標，這些指標盡管考慮了不確定因素對未來的影響，并進行了合理的估計，但實際執行結果與預計指標仍存在差異，甚至差異很大。管理層總是希望預計值與實際執行結果盡可能接近，最好是能吻合，能夠不偏不倚地落實既定方針。但執行的結果往往是:要么遠遠超過預算指標，要么大大低于預算指標，很少有中小企業能夠使預算指標同實際執行結果接近或吻合。如何使預算指標真正起到目標導向作用，并減少乃至取消討價還價行為，是管理層非常頭痛的事情。
3、管理部門的預算考核只注重費用節約額
許多中小企業盡管實施了預算管理，但對管理費用的支出仍實行預算控制的辦法。由此大多數認為，對管理費用實施預算管理主要目的就是能通過預算控制費用，以使費用支出不超過預算。在這種指導思想下，很多中小企業都規定了管理費用超支或節約獎懲辦法。但導致的結果是，有些管理部門為了節約費用，得到相應的獎勵，削減了一些必要的活動。從而產生了減少工作，多得獎勵，消極怠工的矛盾現象，這與實施管理費用預算控制的目的相違背。進行預算考核時，應首先看其中管理活動是否按質完成，只有在百分之百完成各項管理活動情況下節約費用才可獲得適當的獎勵。
