1.1我國企業內部會計控制的基礎薄弱
部分企業尚未建立有效的內部控制制度，或者內部會計控制制度不完善，沒有形成整體系統。其原因在于企業的治理階層還沒有意識到內部會計控制的重要性，或者對內部會計控制存有誤解，片面認為內部會計控制只是企業成本控制、會計資料完整性控制、資產安全性控制，致使內部會計控制制度流于形式。
1.2內部會計控制的執行與監督、檢查、考核體制不健全
良好的內部會計控制不僅要求制度化，同時應配有相應的檢查與考核制度。目前，有些企業內部會計控制制度的執行與檢查流于形式，沒有建立整套的評判考核制度，獎懲制度也沒有制度化。此外，內部會計控制的監督體制也不健全，各職能部門、各個崗位之間缺乏必要的協調與監督，各行其是，導致會計信息不能得到快速傳遞與交流，不僅影響到工作的正常完成，同時對內部審計也極為不利。
1.3內部審計制度的建設滯后
人們普遍認為內部會計控制本身是一種事前、事中、事后的全過程控制過程，它的檢查與監督主要由內部審計完成。因此，企業應當建立一個不依附于任何職能部門，獨立自主的內部審計機構，獨立執行其審計監督任務。目前，我國一些上市公司和企業并沒有設計自身獨立的內部審計機構，內審負責人通常是由企業的財務負責人兼任，這樣做不僅不符合制度規定，并且造成治理層和會計人員對內部審計的毫不重視，削弱了內部審計的獨立性與嚴厲性，影響內部會計控制的質量。
2.我國企業內部會計控制存在的問題
2.1不相容職責未分離
《會計法》中明確規定：出納人員不得兼管稽核、會計檔案、收入、費用、債權債務賬目的登記工作。但有的企業以人員精簡為由，讓出納人員兼管報銷工作，財務專用印鑒也由出納一人保管，嚴重違反了《會計法》的規定。這種做法不但容易造成工作中的差錯，而且為職業犯罪提供了便利條件。
2.2物資采購管理不善
有的企業不按照生產需要計劃 采購，造成了物資積壓浪費，加重管理成本和資金成本；有的企業材料入庫、出庫手續不全，材料管理部門長期不與財務部門對賬。
2.3內部會計控制制度未及時更新
企業已有的內部控制制度一般都是為那些重復發生的業務類型設計的，對新增業務、不經常發生或未預料到的業務類型可能沒有控制能力。現代信息技術高速發展，對企業內部會計控制提出了新的挑戰。企業處在經常變化的環境之中，經營環境、業務性質的改變可能會削弱控制制度的控制力，甚至使內部控制制度失效。
2.4人員素質低
內部控制制度是由人建立的，還要由人來執行，因此，企業人員素質是決定內部會計控制制度執行效果的重要因素。
如果企業員工心理上、技能上和行為方式上未能達到內部控制的基本要求，對內部控制程序或措施誤解、誤判，那么，即使內部控制制度再完善，也很難充分發揮作用，因為內部控制不能防止工作人員粗心大意、精力分散、理解錯誤、判斷失誤等情況發生。3.提高內控會計制度有效性的對策
3.1建立健全企業的管理機構，明確管理權責
建立和完善現代企業制度，實行規范的法人治理結構是我國企業變革 的方向。現代企業制度中股東大會、董事會、監事會、總經理層這種規范的法人治理機構為內部控制的建立、職責分工與制約提供了基本的組織框架，但內部控制的運作還必須在這一組織框架下設立滿足企業內部管理需要的職能機構，明確其管理職能和報告關系。嚴格劃分各職能機構的責任權限，遵循不相容職務相分離原則，對經濟活動的授權、簽發、核準、執行和記錄每一步均由相對獨立的人員或部門實施，從而保證企業各項資產的安全和完整。也從根本上杜絕高層管理人員集決策權、執行權和監督權于一身現象的發生。事實上我國一些企業負責人在資金調撥、資產處理、對外投資方面出現重大問題的重要原因之一在于重疊任職，主要體現在董事長和總經理為一人，董事會和總經理班子人員重疊任職，權力無約束，董事會缺乏獨立性。因此，完善內部控制首先要在組織機構設置和人員配備方面做到董事長與總經理分設，避免人員重疊。
3.2建立合理的企業組織機構系統，進行有效的組織控制
企業應建立健全企業內部會計控制的規章制度，包括股東會、董事會、監事會、經理及其以下各基層管理和業務經管部門及人員的內控權限、職責義務范圍、履行方法及其獎懲內容、辦法等各項內容都應以科學合理的制度形式固定下來，尤其是各部門及經辦人員的內控目標及具體內容應具體詳盡、科學合理。及時準確地查錯防弊，應由財會部門協助企業管理當局制定相應的授權批準程序、辦理貨幣資金業務的不相容崗位必需分離。相關機構及人員應當相互制約、加強款項收付的稽核等相關的規章制度，各資金使用部門應嚴格遵守授權與批準程序及權限范圍的規定，會計部門及人員應嚴格履行審查監督職責。同時，重塑內部審計控制程序。少企業的內審部門或只注重對會計資料的審計，或只根據紀檢部門的工作計劃 ，把精力放在案件的偵查或審計上，沒能把內審的工作置于內部控制系統中，影響了內部審計對內部控制制度建設作用的發揮。
3.3提高會計人員的業務技術和職業道德水平
目前，我國企業中一些會計人員文化水平、學歷層次較低，也有一些會計人員雖有一定核算業務水平，但長期忽視學習新業務和新的會計法規，對一些新出臺的會計制度不了解，致使單位會計工作水平低下。所以當務之急是對現有的會計人員實行考核上崗，不合格的一律不得上崗，并切實加強會計人員的學習 工作，不斷提高會計人員的業務水平。同時，加強對會計人員后續教育，要特別重視對那些業務能力差的會計人員進行基礎業務學習 ，使他們熟悉相關法律、法規及規章制度，提高工作能力，減少會計業務處理的技術錯誤。同時增強職業道德。會計職業道德自律機制的建立，就是要求會計人員能夠依據一定的職業道德原則和規范自覺自愿地遵守各項會計政策和法規。
