（1）核算的主體不同。企業財務成本的核算主體是企業。通常，由建筑企業法人作為企業財務負責人，組織財會人員核算企業在一定會計期間內發生的全部合理支出，作為企業財務成本。項目管理成本的核算主體是項目，是由項目經理組織項目管理人員按照項目管理需要和上級企業的要求，對項目發生的實際成本進行核算。
（2）核算的范圍和內容不同。企業財務成本核算的范圍是整個建筑企業，核算內容包括企業在建項目成本及為組織企業經營活動發生的期間費用。項目管理成本核算的范圍是具體工程項目，核算的內容包括在項目施工中發生的人工成本、材料成本、施工機械成本及為組織項目施工而發生的管理成本和相關費用。
（3）核算的目的不同。企業財務核算的主要目的是正確計算企業在一定會計期間內進行建筑生產活動發生的實際成本和應攤銷的費用，從而按照國家的規定編制對外財務報表，正確核算企業的利潤和應繳稅金。項目管理成本核算的目的是為成本控制提供數據和依據，為成本預測和計劃提供信息。
（4）核算的方法不同。企業財務成本核算是按照國家統一制定的財務通則和會計準則進行的，有一套完整且相對固定的核算方法。而項目管理成本核算方法沒有統一的規定，因時因地因項目而異。在核算中，除了會計方法外，還常采用統計學、技術經濟、運籌學和其他管理科學的一般性方法，核算方法具有靈活多樣的特點。
（5）核算信息的處理程序不同。而項目管理成本核算通常沒有一定的處理程序，處理的信息繁雜多樣，包括會計、不要求十分精確，只要符合重要性的要求，滿足管理的需要即可。可見，在施工項目成本管理中，項目經理組織管理人員核算的是管理成本，而不是財務成本。如果在實踐中將財務成本和管理成本混為一談，就不可避免地產生成本核算周期長、手續煩瑣、數據繁雜等現象。
