內部控制評價實施的效果取決于企業能否有效實施內部控制自我評價。按照企業內部控制評價指引的要求，進行內部控制評價具有很大的挑戰，具體體現在以下四個方面：內部控制評價的內容涵蓋五要素，包括非財務報告內部控制。

這是我們國家的一個創新，與美國薩班斯法案要求的企業內部控制自我評估不同。美國要求的內部控制自我評估僅是與財務報告相關的內部控制自我評價，旨在對財務報告可靠性的過程提供保證。

我們國家要求的內控評價范圍相對更廣，有利于企業全面實現內部控制目標，也將面臨很大的挑戰。

內部控制評價對評價的流程、程序、底稿等要求很高，體現專業審計的特點。

內部控制評價指引的內容很簡練，僅僅包括評價內容、流程、缺陷認定和評估報告。這可能會給人一個假象，即內部控制評價實施很簡單，其實不然。指引要求企業在自我評價過程中應當形成工作底稿，詳細記錄企業執行評價工作的內容，包括評價要素、主要風險點、采取的控制措施、有關證據資料以及認定結果等。此外，內部控制的評價過程其實完全跟審計上的內部控制測試一樣，包括測試的范圍確定、擬測試的關鍵控制、確定樣本量、選擇樣本、記錄測試結果等等。這對非審計專業的評價人員來說是一個不小的挑戰。

內部控制缺陷的認定與操作規范具有很高的難度。

內部控制評價指引要求企業對內部控制缺陷進行初步認定，并按其影響程度分為重大缺陷、重要缺陷和一般缺陷。而重大缺陷、重要缺陷和一般缺陷的具體認定標準，由企業根據指引要求自行確定，而目前這一領域，企業相關的制度和操作規范基本上是空白。缺陷的認定盡管屬于操作范疇，但其難度不應小覷，否則將嚴重影響內部控制評價實施的效果。

監管上的要求變化。

新的評價指引實施前，上市公司內部控制自我評估報告一般由會計師實施審核并對企業的自我評估出具鑒證報告，即對公司內部控制自我評估報告進行審閱、復核。而實施新的評價指引之后，會計師不再對上市公司內部控制自我評價報告進行審核，而是對企業的內部控制（主要是與財務報告相關的）出具審計意見。