《史記》敘事上始于傳說中的五帝時代，在記載遠古事跡時已包含初步的法治思想。據《史記》記載，堯年老時，讓舜代行天子的職務，考察他的執政能力。舜實行了一系列政策，其中關于法治的措施有作"象刑"。有學者認為，"象刑"并不是真正的處罰，而是一種"象征刑"，是讓犯法者穿上與眾不同的衣服，戴上不同顏色的頭巾，以此來表示警戒。舜時還實行"眚災過，赦；怙終賊，刑"的政策，即赦免那些由于過失犯罪的人，對屢教不改的犯人才動用刑罰。這些都體現了原始的"慎刑"思想。
周穆王以甫侯為相，作《甫刑》，有"墨罰之屬千，劓罰之屬千，臏罰之屬五百，宮罰之屬三百，大辟之罰其屬二百，五刑之屬三千"。隨著刑罰的漸趨發展成熟，對執法人員的素質和司法的過程也提出了更高要求。比如，當時強調選擇賢人執法以安百姓，強調在司法過程中敬畏法律，以杜絕所謂"擇非其人"、"敬非其刑"、"居非其宜"等現象。在具體法律的施行過程中，注意做到"兩造具備"、"師聽五辭"，即注重證詞和證詞的取得程序，以保證法律施行過程中的公正，避免冤案產生。經過嚴格的程序，如果犯罪的證據確鑿，則按情節輕重分別予以"五刑"、"五罰"、"五過"等輕重不同的懲罰。難能可貴的是，當時已提出了處罰必須和所犯罪行相適應的"閱實其罪，惟鈞其過"和疑罪從輕的"刑疑赦從罰，罰疑赦從免"的口號。認為只有謹慎使用法律，不輕易用刑，才能"簡信有眾，惟訊有稽"，得到百姓的擁護。
秦自商鞅變法始，信奉申不害、韓非子等法家代表人物的法治思想，逐漸確立了以法治國的政策。秦統一后，李斯主持整理修訂法律，"明法度，定律令"，還"除疑定法"，使百姓"咸知所避"。司馬遷肯定李斯在法治上的建樹，但批評他過于"嚴威酷刑"，認為如果不是因為這一點，他將會和周公、召公等圣賢一樣名垂青史。
秦始皇"奮六世之余烈"，用戰爭手段統一中國，并強制性地把秦國的法律推行到新征服的地區，造成這些地區人民的激烈反抗。秦始皇死后不久，陳勝、吳廣揭竿而起，空前強大的秦帝國隨之轟然倒塌。秦朝的快速滅亡，使漢初知識階層深刻反思秦代統治教訓，形成了一股"非秦"的思潮，而秦朝的嚴刑峻法是廣受批評的內容。賈誼的《過秦論》即是"非秦"思潮的代表作品，賈誼認為秦王"禁文書而酷刑法，先詐力而后仁義，以暴虐為天下始"，但繼位的秦二世如能"攻守異術"，對政策進行一些調整，秦朝也不至于驟然覆滅。按照賈誼的主張，秦二世應該"虛囹圄而免刑，除去收孥污穢之罪"，約法省禁，讓天下的人能夠自新，以威德統治天下，那樣就會避免"暴亂之奸"。司馬遷非常推崇賈誼對秦政的分析與批評，將其言論附在《秦始皇本紀》的篇末。也對秦始皇的政策進行批評，認為他"剛毅戾深，事皆決于法，刻削毋仁恩和義，然后合五德之數。于是急法，久者不赦。"
與對秦始皇的批評形成鮮明對比的是司馬遷對漢文帝的贊揚，在他的筆下，漢文帝是一位賢明君主。在漢文帝時期，中國的法治有幾項重大的變革，廢除"收孥"是其中之一。"收孥"是由秦代開始的一種殘酷制度：如果一人犯罪，其父母妻子等家屬都要遭受處罰。漢文帝即位第一年就廢除了這一制度，認為法律是政治之本，其作用是禁止暴行，引導民眾，如果某人犯罪親屬也連坐，則有悖于法律的根本宗旨，應該予以廢除。漢文帝相信"法正則民愨，罪當則民從"，即法律正當民眾才會誠實，處罰得當民眾才會服從。如果官員不能引導民眾遵守秩序，又用不正當的法律處罰，這反而會使民眾信奉暴力。
漢文帝時期另一項重大法治變革是廢除肉刑，而這是由一位女子的上書所引發的。司馬遷敘事以言簡意賅而著稱，被認為是"文省理幽"，但他在看似普通的這件事上卻不惜筆墨，在《孝文本紀》和《扁鵲倉公列傳》兩處都進行了詳細敘述，足以看出他本人對這一舉措的贊同。漢文帝時期，齊國的太倉令淳于意犯罪，按法律應該押解到長安受肉刑。他的小女兒緹縈跟隨父親到京城，在皇宮門闕外上書，說"死者不可復生，而刑者不可復續"，即便想改過自新也不可能了。還說我愿意舍身去做官府的女奴，來贖父親的罪過，讓他能改過自新。緹縈的上書感動了漢文帝，文帝認為對犯罪者不進行教育而只是施加刑法，殘毀肉體，"斷支體，刻肌膚，終身不息"，這不是為民父母應有的作法。他隨即下令廢除肉刑，成為中國古代司法史上的重要事件。
在《史記》中，司馬遷為奉公守法的官吏作《循吏列傳》，對他們有很高的評價。在該傳的最后，他明確地表達出從寬執法的主張："法令所以導民也，刑罰所以禁奸也。文武不備，良民懼然身修者，官未曾亂也。奉職循理，亦可以為治，何必威嚴哉？"
據《張釋之馮唐列傳》，即便是漢文帝這樣一位古代的模范帝王，在自身受到冒犯時也不能完全依法行事。一次，他出行過中渭橋，有一個行人從橋下走出來沖撞了他的儀仗，驚動了他的馬，他讓侍從抓捕這個人后，交給管司法的部門處理。當時，張釋之擔任司法機關的長官廷尉，查明情況后按照法律規定判這個人罰金。漢文帝知道后很生氣，覺得判得太輕。張釋之認為，"法者天子所與天下公共也"，如果不遵守法律規定而加重處罰，就會失去民眾的信任。廷尉作為司法機關，應該追求公平，一切依法律辦事。漢文帝思考很長時間，最后贊同張釋之的判罰。
漢武帝后法網漸趨嚴密，中央大力打擊地方豪強，出現了了郅都、張湯、杜周等一大批"酷吏"，司馬遷認為他們中"其廉者足以為儀表，其污者足以為戒"。在評價郅都時，說他雖然嚴酷，但卻能"致行法不避貴戚"，體現了一定的司法平等觀念。
《史記》中大力宣揚道德教化與法律制約相互配合，認為禮、德要優于政、刑，非常認同"導之以政，齊之以刑，民免而無恥。導之以德，齊之以禮，有恥且格。"《史記》中還有禮治與法治相互補充、相輔而成的思想，在《孔子世家》中引用"夫名不正則言不順，言不順則事不成，事不成則禮樂不興，禮樂不興則刑罰不中，刑罰不中則民無所錯手足矣。"對于禮與法的關系，司馬遷也有類似的觀點，他在《太史公自序》中說："夫禮禁未然之前，法施已然之后，法之所為用者易見，而禮之所為禁者難知。"認為道德規范可以起到預防犯罪的作用，法律規定的作用只體現在犯罪行為發生之后，法律的處罰制裁作用是即時的、顯性的，而道德的引導規范作用是長期的、隱性的。
自《史記》問世以來，歷朝歷代的學者都在不斷地研究它，不斷地挖掘它的價值。2015年是史圣司馬遷誕辰2160周年，在兩千多年后的今天，我們重新審視《史記》這部偉大的作品，汲取其中最為光彩、最有價值的內容，尤其是認真總結《史記》中的法治思想，借鑒上述德主刑輔、禮法合治等積極因素，對于大力弘揚中華優秀傳統文化，使之服務于全面深化改革和全面推進依法治國的實踐，具有極其深刻和長遠的重要意義。
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